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Das ZKRD hat derzeit über 25 Mitarbeiter und gliedert sich intern in 3 Abteilungen.

Das eigentliche Register nimmt alle administrativen Aufgaben der Spendersuche wahr, soweit sie nicht inzwischen automatisiert sind. Es nimmt Suchanfragen sowie Aufträge und Ergebnisse von weitergehenden Untersuchungen entgegen, erfasst die Daten und leitet sie an die entsprechenden Stellen weiter.

Die Verwaltung regelt nur zum geringen Teil interne Angelegenheiten des ZKRD (Finanz- und Anlagenbuchhaltung, Bilanz etc.). Im Wesentlichen ist dort die Abrechnungsstelle für alle Leistungen angesiedelt, an denen entweder ein deutscher Spender oder ein deutscher Patient beteiligt ist. Dies betrifft pro Jahr zigtausende Vorgänge.

Die EDV-Abteilung ist verantwortlich für den hohen Automatisierungsgrad im ZKRD, der die Voraussetzung dafür ist, mit vergleichsweise geringen Mitteln leistungsfähig zu bleiben. Hier werden Verbindungen mit Dutzenden von Kooperationspartnern im In- und Ausland aufrechterhalten und Daten unterschiedlichster Formate konvertiert, aufbereitet und zum großen Teil auch gleich automatisch verarbeitet. Daneben werden hier in erheblichem Umfang Software und Kommunikationskonzepte entwickelt, die richtungsweisend für die weltweite Knochenmarkspendervermittlung sind.

Mit einem kleinen, aber hochqualifizierten Personalstamm wird in Ulm das weltweit zweitgrößte Zentralregister seiner Art geführt.